Pierwszy kościół istniał już w 1326 r. Murowaną świątynię w Pińczowie zbudował w latach 30-tych XV w. Zbigniew Oleśnicki – biskup krakowski. W 1443 r. do Pińczowa przybyli na zaproszenie biskupa paulini, którzy przejęli świątynię na klasztorną.
To trójnawowa świątynia barkowa z pozostałościami gotyku i renesansu. Ze starego kościoła pozostały gotycka fasada z przyporami i kruchtą, krypty nad nawą północną. Kruchta i fasada została nadbudowane.
Autorem całej przebudowy był najpewniej Tomasz Poncino XVII- wieczny włoski architekt. Kruchta – najstarsza budowla miasta posiada sklepienie krzyżowo-żebrowe, wiedzie do niej gotycki portal. Korpus nawowy na planie zbliżonym do kwadratu, czteroprzęsłowy, prezbiterium nieco niższe i węższe od nawy głównej, dwuprzęsłowe, zamknięte półkoliście.
Świątynia ma ołtarz główny w stylu regencji, pochodzący z 1744 r. Po środku zabytkowy krucyfiks. Po obu stronach prezbiterium – zabytkowe, odrestaurowane stalle, na zapleckach – sceny z życia pustelników. Dziewięć ołtarzy bocznych zdobionych obrazami, otoczonych figurami świętych powstało jeszcze przed 1748 r. Na sklepieniu – dekoracja stiukowa. Epitafia – z XVIII i XIX w. Bogate zdobnictwo i wiele skarbów świątynia zawdzięcza rodowi Myszkowskich, z którego wywodził się Piotr Myszkowski – podkanclerzy koronny i biskup krakowski. Wykupił on Pińczów w 1580 r., a jego spadkobiercy wybudowali w mieście wspaniałą i wystawną rezydencję. Na zachodniej ścianie – chór muzyczny z rokokowymi organami. Prospekt bogato zdobiony. Do nawy południowej dobudowano w latach 1720-1723 kaplicę Aniołów, w ołtarzu – obraz Archanioła Gabriela, pod nim odkryto zabytkową ikonę z 1742 r. przedstawiającą Matkę Bożą Częstochowską. Ambona – z figurą św. Jana Ew. Wnętrze znaczone jest herbem rodów Oleśnickich i Myszkowskich (Jastrzębiec).
Obok kościoła stoi wysoka na 14 metrów barokowa dzwonnica powstała w latach 1685-1691, wybudowana przez Wojciecha Trybulskiego z Kielc. Na dzwonnicy cztery dzwony, dwa pochodzące z XV w. Nieopodal stoi figura Matki Bożej na kolumnie korynckiej z 1661 r.
Czy wiesz że...
Kiedy w Polsce działały silne ośrodki reformacji, w 1550 kościół w Pińczowie przejęli protestanci. Paulini opuścili miasto. Przez jakiś czas funkcjonowało w kościele gimnazjum różnowiercze. Po odzyskaniu i remoncie świątynię konsekrowano w 1656 r.
W 1819 r. w Pińczowie skasowano klasztor Paulinów. Majątek zabrały władze carskie Królestwa Polskiego. Pozostali na miejscu zakonnicy obsługiwali parafię jako kapłani diecezjalni.
W 1593 r. margrabia Zygmunt Myszkowski ufundował w mieście szkołę parafialną, a opiekę nad nią powierzył klasztorowi paulinów.
W kościele pochowany jest Jan Łaski, pastor i teolog protestancki, działacz polskiej reformacji.
W pobliżu kościoła można odwiedzić Synagogę Starą powstałą w latach 1594-1609. Wewnątrz zdobią ją malowidła pochodzą z lat 40-tych XVII w. W przedsionku – polichromia z tekstami modlitw i motywy roślinne. Synagogę okala mur będący zarazem pomnikiem Pamięci o Holocauście miejscowych Żydów.
Na szczycie Góry św. Anny znajduje się piękna kaplica manierystyczna z 1600 r. zwieńczona kopułą z latarnią, dedykowana właśnie św. Annie. Budowla ma kształt kwadratu. Autorstwo projektu przypisuje się Santi Gucciemu. Kaplicę ufundował Zygmunt Myszkowski.
Odpusty
- św. Jana – 27 grudnia;
- Matki Bożej Różańcowej – I niedziela października;
- w Kaplicy św. Anny – 26 lipca.